善玉菌が多いと良い？知っておきたいデメリット

「善玉菌は多ければ多いほどいい」「悪玉菌はできるだけ減らしたほうがいい」と思っていませんか。

腸活では、乳酸菌やビフィズス菌などを含む食品がよく紹介されるため、善玉菌を増やすことそのものが腸活のゴールのように感じることがあります。

しかし、現在の腸内細菌研究では、腸内環境を「善玉菌が多いか、悪玉菌が少ないか」だけで評価するのは単純すぎると考えられています。

そもそも「善玉菌」「悪玉菌」という分類は、腸内細菌の特徴を一般の人にも分かりやすく説明するための便利な表現であり、すべての菌を明確に2つへ分けられるわけではありません。

近年は、菌の種類だけでなく、菌株ごとの違い、菌同士の関係、腸内細菌全体の多様性や機能まで見ることが重要だと考えられています。 

また、善玉菌を意識するあまり、ヨーグルト、乳酸菌飲料、サプリメント、オリゴ糖などを一度に増やすと、ガスやお腹の張り、軟便などを感じる場合もあります。

大切なのは、善玉菌を限界まで増やすことではありません。

自分のお腹の状態を見ながら、多様な腸内細菌が活動できる食生活を作ることが、無理なく続けられる腸活につながります。

この記事では、「善玉菌は多いほどよい」という考え方を見直しながら、腸内細菌の多様性、外から摂った菌の定着、プレバイオティクス、1-ケストースについて詳しく解説します。

「善玉菌が多いほど良い」は本当？

結論からいえば、「善玉菌の割合が高ければ高いほど健康」という単純な基準はありません。

腸内細菌は多数の微生物が互いに影響し合う複雑な生態系を作っています。

ある菌が作った代謝物を別の菌が利用することもあり、同じ菌でも周囲の環境によって働き方が変わる可能性があります。

2024年に医学誌「Gut」に掲載されたレビューでも、「健康な腸内細菌叢」を1つの構成や特定の菌だけで定義することは難しく、いわゆる「ディスバイオーシス」という言葉についても、明確な共通基準がないことが指摘されています。 

つまり、善玉菌の数だけを見るより、腸内細菌全体の構成や機能を考えることが現在の研究に近い見方です。

善玉菌・悪玉菌という分け方の成り立ち

一般的な腸活情報では、腸内細菌を「善玉菌」「悪玉菌」「日和見菌」の3つに分けて説明することがあります。

代表的には、乳酸菌やビフィズス菌を善玉菌、一部のウェルシュ菌などを悪玉菌、バクテロイデスなどを日和見菌として紹介する方法です。

参考サイトでも、善玉菌、悪玉菌、日和見菌という3分類を使って、腸内細菌のバランスが説明されています。 

この分類はとても分かりやすい一方で、現在の腸内細菌学をそのまま表しているわけではありません。

実際の腸内細菌は、菌種よりさらに細かい菌株のレベルでも性質が異なります。

また、普段は問題を起こさない菌が、体調や免疫状態、腸内環境の変化によって問題につながる場合もあります。

反対に、「悪い菌」と一括りにされやすいグループの中にも、正常な腸内生態系の一員として存在している菌があります。

そのため、

という整理が適しています。

「善玉菌20％、悪玉菌10％、日和見菌70％」という比率を目安として紹介する情報もありますが、すべての健康な人がこの割合になるという医学的な診断基準ではありません。 

腸内細菌の割合には大きな個人差があるため、特定の数字へ近づけることを腸活の最終目標にする必要はありません。

善玉菌のなかにも働きの差があるという報告

「乳酸菌ならどれでも同じ」「ビフィズス菌ならすべて同じ働きをする」と考えるのも注意が必要です。

微生物の特徴は、属、種、菌株によって異なります。

たとえばLactobacillusやBifidobacteriumには数多くの種類があり、腸管内での生存性や定着性、代謝できる糖質などにも違いがあります。 

そのため、ある菌株について研究で一定の作用が報告されていても、その結果を同じ属に属するすべての菌へ当てはめることはできません。

プロバイオティクスについても、「乳酸菌だからプロバイオティクス」というわけではなく、基本的には適切な量を摂取したときに健康上の利益をもたらすことが確認された生きた微生物という考え方が使われます。

つまり、名前が似ていても働きは同じではありません。

腸活食品を選ぶときに「乳酸菌○億個」という数字だけを見るより、どの菌株について、どのような研究が行われているのかを見るほうが情報を正確に理解しやすくなります。

また、健康な成人にプロバイオティクスを摂取した研究をまとめたレビューでは、摂取した菌に対応する腸内細菌が一時的に増える報告はあるものの、腸内細菌叢へ長期的な変化を起こすことを支持する証拠は十分ではないとされています。 

「善玉菌を摂れば、その菌がどんどん増えて腸内を占領する」というイメージとは少し違うことが分かります。

悪玉菌がゼロだと困ること

「悪玉菌が悪いなら、ゼロにすれば一番よいのでは」と考えるかもしれません。

しかし、そもそも「悪玉菌」という分類そのものが厳密な医学的分類ではないため、「悪玉菌をゼロにする」という目標自体が科学的には適切ではありません。

参考サイトでは、悪玉菌にも一定の役割があり、善玉菌だけに偏ることが理想ではないという考え方が紹介されています。 

現在の研究に照らしてより慎重に表現するなら、「悪玉菌として一括りにされる細菌をすべて排除する必要はない」と考えるのが適切です。

私たちの腸内には、健康な状態でも非常に多くの種類の細菌が存在しています。

中には条件によって人体へ不利益をもたらす可能性がある菌も存在しますが、存在していることと、病気を起こしていることは同じではありません。 

重要なのは、

善玉菌だけにすること

でも、

特定の菌を完全になくすこと

でもありません。

腸内生態系が大きく崩れず、多様な微生物と宿主が共存している状態を考えることが重要です。

したがって、腸活では「悪玉菌を全部退治する」といった考え方より、食事や生活習慣を通じて腸内細菌全体の環境を支えることを基本にしましょう。

増やそうとするときに起こりやすいこと

善玉菌そのものが多いことに、必ず「デメリット」があると証明されているわけではありません。

注意したいのは、善玉菌を増やそうとして食品やサプリメントを過剰に追加することです。

ヨーグルト、乳酸菌飲料、食物繊維、オリゴ糖などを一度に増やせば、それぞれの成分によってお腹の状態が変化する場合があります。

また、健康によいと言われる食品ばかりを選ぶことで、食事全体がかえって偏ってしまうこともあります。

急に増やしておなかが張る

腸内細菌が利用する食物繊維やオリゴ糖などを急に増やしたとき、最初に感じやすい変化のひとつがガスやお腹の張りです。

食物繊維や難消化性オリゴ糖の一部は、小腸で消化されず大腸へ届きます。

そこで腸内細菌によって発酵されると、短鎖脂肪酸などの代謝物とともにガスも生じます。

普段あまり食物繊維やオリゴ糖を摂っていなかった人が、突然大量に増やすと、発酵量の変化によって腹部膨満感を感じる場合があります。

これは「善玉菌が増えすぎた証拠」とは限りません。

摂取した発酵性成分の量が自分のお腹に合っていない可能性もあります。

特にIBSなどでFODMAPに敏感な人では、フラクトオリゴ糖を含む一部の発酵性糖質によってガス、腹痛、膨満感などが強くなることがあります。

新しい腸活食品を始めるときは、いきなり最大量まで増やすより、製品表示を確認しながら少量から始め、お腹の反応を確認することが大切です。

詳しくは「ケストースの副作用と安全な摂取量を徹底解説」も参考にしてください。

同じものばかり続けて偏る

「このヨーグルトが腸にいいらしい」と聞いて、毎日同じ商品だけを食べ続ける。

「納豆がよい」と聞いて、野菜や果物を減らして納豆ばかり食べる。

こうした方法は、腸活の本来の目的から少し離れてしまうことがあります。

腸内細菌は、多種多様な食事由来の成分を利用しています。

そのため、特定の食品だけを増やすより、野菜、果物、豆類、海藻、きのこ、穀類など、多様な植物性食品を組み合わせることが重要です。

たとえばヨーグルトを食べるなら、そこへ果物やオートミールを加える。

納豆を食べるなら、大麦入りごはん、野菜のみそ汁、海藻なども組み合わせる。

こうすることで、異なる種類の食物繊維や糖質を食事から取り入れられます。

腸活は「最強の1品」を探すより、食事の種類を増やし、偏りを少なくすることから考えたほうが続けやすくなります。

サプリやドリンクの重ねすぎ

腸活を本格的に始めると、

ヨーグルト。

乳酸菌飲料。

プロバイオティクスのサプリメント。

食物繊維のサプリメント。

オリゴ糖。

発酵ドリンク。

といった商品を同時に取り入れたくなることがあります。

しかし、複数の商品を重ねると、摂取している菌やオリゴ糖、糖質などの総量が分かりにくくなることがあります。

さらに、お腹が張ったり軟便になったりした場合も、どの商品が関係しているのか判断しにくくなります。

たとえば「乳酸菌入り」と表示された飲料でも、菌だけが入っているわけではありません。

商品によっては糖類やエネルギーも含まれるため、複数本を毎日飲めば摂取量が増えます。

また、オリゴ糖入り飲料とオリゴ糖サプリメントを同時に使えば、気づかないうちに発酵性糖質を多く摂っている可能性もあります。

新しい商品を試すときは、一度に1種類ずつ始めると自分との相性を確認しやすくなります。

「腸によいものなら全部一緒に」という発想ではなく、現在使っている食品やサプリメントを一度整理してみましょう。

詳しくは「腸活ドリンクの選び方と飲むタイミング」も参考にしてください。

いま注目されている「多様性」という考え方

腸内細菌の研究では、特定の善玉菌だけではなく、腸内細菌全体の多様性という考え方がよく使われます。

多様性とは、単純に「菌の種類が多ければよい」という意味だけではありません。

何種類の菌が存在するか、それぞれがどの程度の割合で存在するか、どのような機能を持っているかなどを含めて評価します。

ただし、多様性についても「高いほど必ず健康」と一律に判断するのは注意が必要です。

多様性が大事とは、どういうことか

腸内細菌の多様性を調べる研究では、よくα多様性とβ多様性という言葉が使われます。

α多様性は、1人の腸内にどれだけ多様な微生物が存在しているかを見る指標です。

β多様性は、人と人の腸内細菌の構成がどれくらい違うかを見るときに使われます。

多くの研究で、健康状態や生活習慣と腸内細菌の多様性との関連が調べられています。

一方、2024年のレビューでは、健康な腸内細菌叢を多様性の数値だけで定義することは難しいことも整理されています。 

同じくらい健康な人でも、腸内に多い菌の種類はかなり違います。

さらに、腸内細菌には菌同士で代謝物を受け渡すクロスフィーディングのような関係があります。

ある菌が食物繊維などを分解して作った物質を、別の菌が利用して別の代謝物を作ることがあります。

つまり、腸は特定の菌だけが単独で働く場所ではありません。

複数の菌が関わりながら、ひとつの生態系として機能していることが大切なポイントです。 

外から入れた菌はとどまりにくいという報告

ヨーグルトやサプリメントから摂った菌は、そのまま一生腸に住み続けるのでしょうか。

研究では、多くのプロバイオティクスは摂取中には検出されても、永久的には定着しない場合が多いと考えられています。

健康な成人を対象とした研究をまとめたレビューでは、プロバイオティクス摂取によって特定の菌が一時的に増えることはあるものの、腸内細菌叢へ持続的な変化を起こす証拠は十分ではありませんでした。 

2021年のレビューでも、LactobacillusやBifidobacteriumの腸内定着は、菌種・菌株、本人の腸内細菌、食事、宿主側の条件などによって異なるとされています。 

さらに2026年のレビューでは、成人の腸内細菌叢には外から来た菌の定着を妨げる「colonization resistance」があり、多くの菌株は永久的な住民にならず通過することが整理されています。 

ただし、「定着しない＝摂っても意味がない」ということではありません。

通過している間に代謝物を作ったり、腸管内で他の微生物や宿主と相互作用したりする可能性があります。 

大切なのは、プロバイオティクスを腸に永久定着させることだけを目的にしないことです。

外から菌を摂る方法と、もともと腸内にいる菌へエサを届ける方法は、別々のアプローチとして考えられます。

特定の菌を狙って増やすのは、多様性と矛盾しない？

ここで疑問になるのが、「多様性が大切なら、ビフィズス菌など特定の菌を増やそうとするのは矛盾していないのか」という点です。

必ずしも矛盾するわけではありません。

腸内細菌の多様性を大切にすることは、すべての菌を同じ割合にするという意味ではないからです。

また、プレバイオティクスは「腸内細菌すべてを均等に増やす成分」ではありません。

特定の微生物によって選択的に利用され、宿主へ健康上の利益をもたらす基質という考え方が基本です。

つまり、ある食品成分によって特定の菌が利用しやすい環境を作ることと、食生活全体を多様に保つことは両立できます。

たとえば、

大麦ではある種類の食物繊維を摂る

豆類から別の食物繊維を摂る

果物や野菜からさらに異なる成分を摂る

必要に応じて特定のプレバイオティクスを追加する

という組み合わせです。

腸活では、特定の菌だけを最大限増やすことを目指すのではなく、食生活全体の多様性を保ったうえで、研究されている食品成分を活用するという考え方が適しています。

エサから育てるという選択肢｜高純度1-ケストース

外から菌を取り入れるプロバイオティクスとは別に、もともと腸内にいる細菌が利用できる成分を届けるプレバイオティクスという方法があります。

代表的なものとして、一部の食物繊維やフラクトオリゴ糖などが知られています。

そのフラクトオリゴ糖を構成する成分のひとつが、1-ケストースです。

1-ケストースは、グルコース1分子とフルクトース2分子からなる3糖で、人の消化酵素では分解されにくく、大腸へ届いて一部の腸内細菌に利用されます。

健康な成人7人の便を使った試験管内研究では、1-ケストースを加えた条件で、Bifidobacterium longumが対照条件より有意に多くなったことが報告されています。 

これは1-ケストースと特定の腸内細菌との関係を調べた研究として興味深い結果ですが、試験管内の研究なので、実際に人が摂取した場合の健康効果をそのまま示すものではありません。

また、2025年に報告された健康な成人40人を対象とした無作為化二重盲検試験では、1-ケストースとイヌリンを4週間組み合わせて摂取した群で、Bifidobacterium adolescentisとB. longumの増加が報告されました。 

一方、この試験は1-ケストース単独ではなくイヌリンとの併用であり、すべての参加者が同じように反応したわけではありません。 

つまり、「1-ケストースを摂れば誰でもビフィズス菌が増える」と断定することはできません。

また、「高純度」という言葉は、腸内細菌への作用が強いことを意味するものでもありません。

高純度1-ケストースを選ぶ考え方のひとつは、複数の糖質を含むオリゴ糖製品と比べて、どの成分をどの程度摂っているのか確認しやすいことです。

そして、ここでも「特定の菌を増やすこと」と「多様性」を対立させる必要はありません。

1-ケストースだけに食生活を任せるのではなく、

• 野菜、豆類、海藻、きのこ、果物、穀類などを幅広く食べる 
• 発酵食品も無理なく取り入れる 
• 必要に応じてプレバイオティクスを補助的に利用する 
• お腹の張りや便の状態を見ながら量を調整する 
• という形で考えるのが基本です。

フラクトオリゴ糖は腸内細菌によって発酵されるため、人によってはガス、お腹の張り、軟便などが起こる場合があります。

とくに発酵性糖質に敏感な方は、一度に大量摂取せず、製品表示を確認しながら無理のない量から取り入れましょう。

詳しくは「フラクトオリゴ糖と腸内環境の関係」も参考にしてください。

まとめ｜善玉菌は「増やす」より「偏らせない」で考える

「善玉菌は多いほどよい」という考え方は、腸内環境を理解する入り口としては分かりやすいものです。

しかし、現在の腸内細菌研究を踏まえると、善玉菌の量だけで健康な腸内環境を判断することはできません。 

善玉菌と呼ばれる乳酸菌やビフィズス菌にも多くの種類や菌株があり、それぞれの特徴は異なります。 

また、「悪玉菌」と呼ばれる菌を含め、腸内細菌を単純に善と悪へ二分することにも限界があります。

腸活で意識したいポイントは次のとおりです。

• 善玉菌の数だけを増やすことを目標にしない 
• 食物繊維やオリゴ糖を急に大量摂取しない 
• 同じヨーグルトや健康食品だけに偏らない 
• サプリメントや腸活ドリンクを重ねすぎない 
• 外から菌を摂る方法だけでなく、もともといる菌へエサを届ける方法も考える 
• 多様な植物性食品を食生活へ取り入れる 
• 自分の便やお腹の状態を確認しながら続ける 

外から摂ったプロバイオティクスの多くは、腸へ永久に定着するとは限りません。 

だからこそ、腸活では「菌を入れ続ける」という考え方だけでなく、自分の腸内にもともと存在する細菌が利用できる食品成分を届ける「育てる」という視点も役立ちます。

1-ケストースのようなプレバイオティクスも、その選択肢のひとつとして研究されています。 

ただし、1-ケストースを含め、特定の食品成分だけで理想的な腸内フローラが作られるわけではありません。

「どの菌を最大限増やすか」ではなく、「多様な菌が活動できる食生活をどう続けるか」という視点で考えることが大切です。

善玉菌を増やすことだけに集中していると感じたら、一度立ち止まって、普段の食卓を見直してみてください。

野菜や豆類は食べているか。

同じ食品ばかりになっていないか。

腸活商品を重ねすぎていないか。

そして、自分のお腹は実際にどう感じているか。

善玉菌は「多ければ多いほどよい」と考えるのではなく、腸内細菌全体を偏らせない食生活の中で考える。

それが、現在の腸内細菌研究により近い腸活の考え方です。

※本記事は、食品・栄養・腸内環境に関する一般的な情報提供を目的としています。

※「善玉菌」「悪玉菌」「日和見菌」は腸内細菌を分かりやすく説明するために広く用いられる表現であり、すべての腸内細菌を医学的に明確に分類できるものではありません。

※特定の食品、乳酸菌、ビフィズス菌、オリゴ糖、1-ケストースなどによる疾病の予防・治療や、腸内環境の改善効果を一律に保証するものではありません。

※食品やオリゴ糖を摂取して腹痛、下痢、強い腹部膨満感などが続く場合は無理に継続せず、必要に応じて医療機関へご相談ください。